主要用作葉酸拮抗劑(如甲氨蝶呤、乙胺嘧啶或甲氧芐啶等)的解毒劑。本品臨床常用于預防甲氨蝶呤過量或大劑量治療后所引起的嚴重毒性作用。當口服葉酸療效不佳時,也用于口炎性腹瀉、營養不良、妊娠期或嬰兒期引起的巨幼細胞性貧血,但對維生素B12缺乏性貧血并不適用。近年應用亞葉酸鈣作為結腸、直腸癌的輔助治療,與氟尿嘧啶聯合應用,可延長存活期。
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